廈門大學機電工程系創辦于1940年秋，有著悠久和光輝的歷史，是由國際近代著名物理學家、卓越的電機工程學家、杰出教育家、廈門大學前校長薩本棟教授親手創辦。機電工程系是當時廈門大學師資水準最高、對新生最具吸引力的學系，連續幾年為廈門大學第一大系。機電工程系在1952年全國院、系調整時分別并入清華大學、浙江大學、 南京工學院、北京航空航天大學、南京航空航天大學。上述院校機電工程、航空工程方面創建初期骨干師資、優質生源有相當部分源自廈門大學。早期機電工程系辦學成績斐然，畢業10屆學生遍布世界各地，不少系友成為享譽世界的杰出英才。中國工程院院士艾興（山東大學教授）、張啟先（北京航空航天大學教授）、陳一堅（中國“飛豹”飛機總設計師），中國科學院院士閔桂榮（曾擔任中國空間技術研究院院長）、闕端麟（浙江大學教授），國際電機及電子學會院士葛文勛、國際電網理論專家蘇林翹，臺灣新竹科學工業園區創始人與杰出教育家何宜慈、印尼著名實業家邵建寅等是這期間系友中的佼佼者。

為了適應地方經濟建設發展需要，廈門大學開始加強推動工科發展，于1998年復辦機電工程系（主要依托于機械工程學科建設），并成為近年來順應社會需求在廈門大學重新崛起的高層次的工科院系之一。2006年機械電子工程博士點獲準建設，2011年獲得機械工程一級學科博士點授權，2012年機械工程一級學科被列為福建省重點建設學科，2015年機械工程學科順利通過福建省教育廳組織的省級重點學科考核驗收評估。現已擁有機械工程一級學科博士學位授權點，機械工程領域的工程碩士授權點。目前可在機械電子工程、機械制造及其自動化、機械設計及理論、車輛工程四個方向招收博/碩士研究生，并設有機械設計制造及其自動化本科專業。

在科研平臺方面，依托于機電工程系機械工程學科已建成包括福建省微納制造工程技術研究中心、福建省精密制造業技術開發基地、廈門市創新方法工程研究中心、廈門大學非硅微納米系統制造技術研究所等科研平臺，并參與組建福建省“2011”高端裝備協同創新中心、微納光電子材料與器件教育部工程研究中心、福建省高校微納米系統重點實驗室、福建省高校傳感技術重點實驗室、廈門市MEMS工程研究中心等。

在教學平臺方面，依托于機電工程系機械工程學科已建成全國示范性全日制工程碩士專業學位研究生聯合培養實踐基地-機電工程研究生聯合培養基地（廈大唯一一家）、廈門大學機電類虛擬仿真實驗教學中心（國家級）、福建省專業學位研究生聯合培養示范基地、福建省機電工程訓練示范中心等，對學科發展和人才培養起到重要支撐作用。

在師資隊伍和人才培養建設方面，已形成一支包括1名長江學者講座教授、3名閩江學者講座教授、2名廈門大學特聘/講座教授，5名福建省高等學校新世紀優秀人才（侯亮、彭云峰、周偉、吳德志、劉宇）等各層次人才組成的、年齡結構合理、技術特長明確的高水平科研隊伍。在人才培養方面，本學科已經建立一個涵蓋本科、碩士、博士和高層次培訓的人才培養體系， 為我國特別是福建省及周邊培養高層次人才和大量理論與實踐經驗兼備的工程技術及管理人才。

在學術科研方面，機電工程系已形成微納機電系統、精密加工與檢測技術、數字化與智能化制造、現代設計理論及應用、新能源與節能技術五個穩定優勢學科方向。近五年，先后承擔和參與國家重大專項（點火計劃、0901、數控裝備）、國防與軍工項目、國家自然科學基金重點/面上、國家863重大/重點項目以及省部級各類項目近百余項，總經費達8000余萬元。在社會服務方面，本學科在發揮政府智庫作用（編制《廈門制造2025》）、推動科技成果轉化（泉州先進制造研究院）、研究生培養（全國機電工程示范基地）、微納制造技術與裝備（高端傳感器、陀螺儀）等方面取得突出成績，形成較大的社會影響。

在國際交流與合作方面，先后與美國加州大學伯克利分校、密西根大學、英國卡迪夫大學、日本東北大學、香港城市大學等國際知名高校建立廣泛的學術交流關系。與成都精密光學工程研究中心、廈門廈工機械股份有限公司、廈門金龍聯合汽車工業有限公司、福建省三明機床有限責任公司等科研院所、機構和相關大型國有企業建立了長期合作研究關系。

展望未來，廈門大學機械工程學科重點圍繞微納制造、智能制造等領域的關鍵基礎理論與技術，致力于解決裝備制造、電子信息、光電、汽車、能源環保等產業的共性技術難題，解決相關產品產業升級技術需求與技術創新不足之間的矛盾，形成產、學、研、用的一體化良性體系，重點提升本學科解決國家重大需求關鍵科學問題和企業關鍵技術方面的能力，帶動福建省及我國南方地區科技和產業技術的創新和發展，服務地方經濟建設發展。