山東農業大學學位與研究生教育始于1954年，1978年成為國務院學位委員會批準的首批碩士學位授權單位，1986年開始招收博士研究生。1995年，被批準建立山東省省屬高校首家博士后科研流動站。
山東農業大學擁有12個博士后科研流動站，10個一級學科博士點、49個二級學科博士點，24個一級學科碩士點、99個碩士點，7個碩士專業學位授權點，其中工程碩士培養領域8個。博士生教育涵蓋理、工、農、管理四大學科門類，碩士生教育涵蓋經濟、法、文、理、工、農、管理七大學科門類。形成了多學科多元化高層次人才培養體系。
山東農業大學現有1個國家重點實驗室、2個國家重點學科、2個國家工程實驗室、2個國家工程技術研究中心，1個國家小麥育種栽培技術創新基地，1個科技部、教育部新農村發展研究院，2個農業部重點學科、1個農業部綜合性重點實驗室、2個農業部專業性（區域性）重點實驗室、2個農業部農業科學觀測實驗站、1個國家林業局山東泰山森林生態系統定位研究站，21個省級重點學科、13個省級重點實驗室、1個省級人文社科研究基地、1個省級軟科學研究基地，1個國家小麥改良分中心、1個農業部谷物品質檢測中心、1個農業部農藥環境毒性研究中心、1個黃淮海區域玉米技術創新中心、2個省級協同創新中心，12個省級工程技術研究中心、4個省級國際合作研究中心。良好的研究平臺和科研條件為研究生培養提供了有力支撐。
山東農業大學在擴大研究生招生規模的同時，更加注重強化制度建設，規范培養過程，提高培養質量。研究生招生人數由2005年的571人增加到現在1232人，研究生在校規模由2005年的2035人發展到現在的3230人，另有在職攻讀碩士學位471人。研究生已成為我?？蒲泄ぷ鞯纳?。山東農業大學獲得的多項成果和專利中，研究生作為主要研究力量做出了積極的貢獻。
經全校共同努力，山東農業大學學位與研究生教育無論是學科結構、學生規模還是人才培養質量都得到長足發展，初步建立了與經濟、社會發展相適應的學位與研究生教育體系，培養了大批社會急需的高層次人才，為提升山東農業大學辦學水平、實現山東農業大學跨越發展做出了積極貢獻。
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