復旦大學經濟學院稅務碩士專業學位旨在適應我國現代稅務事業發展對稅務專門人才的迫切需求，完善稅務人才培養體系，創新稅務人才培養模式，提高稅務人才培養質量。根據國務院學位委員會下發的稅務碩士等專業學位設置方案，經有關部門批準，復旦大學經濟學院招收稅務專業碩士研究生。稅務專業碩士是面向稅務、司法等國家機關、企業、中介機構等相關職業，培養具有從事稅務相關職業所需的專業知識與技能的高層次、應用型專門人才。
稅務碩士專業學位研究生招生主要通過統招碩士生、夏令營錄取研究生、推免研究生等途徑進行。
復旦大學稅務碩士專業學位面向稅務機關、企業、中介機構及司法部門等相關職業，培養具備良好的政治思想素質和職業道德素養，系統掌握稅收理論與政策、稅收制度、稅務管理以及相關領域的知識和技能，充分了解稅務稽查、稅務籌劃以及稅務代理等高級稅收實務并熟練掌握其分析方法與操作技能。
現有企業稅務和稅務管理兩個研究方向，學制二年。開設商務外語、經濟學分析與應用(含宏、微觀經濟學）、中國經濟問題、中國稅制專題、稅收理論與政策、國際稅收專題、稅務管理專題、稅務籌劃專題、高級稅務會計、企業稅務風險管理、獨立審計專題、公司財務分析、數量分析方法等專業必修課和選修課，特別注重通過案例分析、模擬訓練等多種方式培養學生解決實際問題的能力，注重與注冊會計師、注冊稅務師等相關從業資格考試的銜接。
學生修滿規定學分、完成專業實習并通過學位論文答辯，經校學位評定委員會審核，授予稅務碩士專業學位。
雙導師機制是專業學位培養中的亮點和重點，稅務碩士專業學位項目學生進校后配制學院導師的同時，也將為其分配校外兼職導師。稅務碩士專業學位項目充分利用廣泛的校友資源，聘請業務素質高、專業知識豐富、工作能力強、職業道德好的業界知名人士作為實踐導師，聘請來自國家稅務、審計部門、四大會計師事務所、國際企業咨詢機構以及知名企業高級財務、稅務專家等加入校外兼職導師庫。
專業實踐是專業學位研究生培養工作中的一項重要教學環節。建立固定或相對固定的實習基地，是實現專業學位教育實踐系列化、科學化、制度化、規范化，確保專業實踐的連續性和保證實習質量的重要措施之一。稅務碩士專業學位項目已與畢馬威企業咨詢（中國）有限公司、滬港國際咨詢集團簽署了專業學位實踐基地合作協議，同時與德勤稅務師事務所建立了良好的合作關系。稅務碩士專業學位項目已與實踐基地在實務型專業核心模塊課程建設、校外導師指導、專業實習、職業培訓等方面展開合作。